Новая жизнь древней святыни началась в конце XIX века, когда храм вошел в состав Александро-Афонской Зеленчукской пустыни. Этот мужской монастырь, основанный русскими монахами, вернувшимися со Святой Горы Афон специально для его создания, был устроен по образу афонских скитов. Монашеская жизнь здесь продолжалась до 1918 года. С приходом советской власти храму вновь пришлось пережить тяжелые времена: начиная с 1920-х годов, его здание использовалось для различных хозяйственных нужд.

Возрождение началось в 1990 году, еще в РСФСР: состоялось первое за долгие десятилетия богослужение, храм был передан в оперативное управление Ставропольской епархии (из которой позже выделилась Пятигорская) и официально зарегистрирован. С тех пор вот уже 35 лет богослужения в храме святого пророка Илии проходят непрерывно. Храм стал не только местом молитвы, но и центром притяжения: ежегодно 2 августа, в день памяти святого пророка Илии, здесь собирается духовенство и многочисленные паломники из разных регионов на особо торжественные службы. Не иссякает и поток туристов, желающих прикоснуться к древней истории.

Фильм «Наследие древних алан» не только рассказывает об архитектурном памятнике, но и через его историю раскрывает глубинные корни христианства на Кавказе. В создании картины приняли участие историки, краеведы и духовенство Пятигорской епархии.